Η ΑΝΙΜΑ συνεργάζεται με φορείς διαχείρισης και άλλους φορείς, όπως η Εταιρεία Προστασίας Πρεσπών, για την αποστολή, περίθαλψη και απελευθέρωση άγριων ζώων από τις περιοχές αρμοδιότητας των φορέων αυτών.
 
Ενδεικτικά η ΑΝΙΜΑ συνεργάζεται με τους παρακάτω Φορείς Διαχείρισης:
- Φορέας Διαχείρισης Εθνικού Δρυμού Πάρνηθας
- Φορέας Διαχείρισης Εθνικού Πάρκου Σχινιά
- Φορέας Διαχείρισης Λίμνης Παμβώτιδας